schon mal auf wanderweib DE gelesen? Da gibts viele Tipps zu Japan auf Deutsch.
Kyoto von Kobe aus ist ganz einfach. Entweder mit der Schnellbahn, in der Nähe des Hafens.
Oder mit Shinkansen (ab Shin-Kobe also etwas entfernt vom Hafen).
In Kyoto kann man sich mit Bussen gut fortbewegen. Viel Zeit mitbringen, Sowohl für Busse als auch die Sehenswürdigkeiten gibt es lange Schlangen, Kyoto ist recht überlaufen.
Tipp: Statt 2x nach Kyoto pendeln von Kobe aus in der Stadt ein günstiges Hotel nehmen. Dann kann man am 2, Tag schon frühmorgens etwas besichtigen wenn es noch ruhiger ist.
wenn du nichts auf eigene Faust machen willst, AIDA buchen oder einen privaten Anbieter. zB über Viator